主に口の中に水泡を形成する疾患は、ウイルス性疾患が考えられ、感染の初期に小さな水泡ができすぐに破れてアフタ性潰瘍になります。
■単純疱疹（単純ヘルペス）herpes simplex
■帯状疱疹　herpes zoster
■ヘルプアンギーナ herpangina
■手足口病 hand-foot-and-mouth disease
最も多く見られるものは、単純疱疹（口唇粘膜から皮膚移行部に直径1~3mmの赤みを帯びた水泡）で水泡が破れてびらんとなり痂皮に覆われ10日前後で治ります。
その他のウイルス性疾患は発熱や痛みを伴いますのですみやかにお近くの医療機関で診断、治療を受けられるようにして下さい。

多くの場合（外傷を除く）接触時痛（触ると痛い）により自覚し大きさにもよりますが数日で治癒します。痛みを緩和するために軟膏や付着錠などの塗布による治療が行われています。
また最近では、レーザー治療も有効に行われています。
中には、たびたびできる再発性アフタやBehcet's病（全身性炎症性疾患）などもありますので歯科医師に相談して下さい。

口腔粘膜の着色はメラニン、ビリルビン等の内因性色素や詰め物や差し歯に使用されている金属等の外因性色素、また薬剤によるもの等があります。
着色を取ることは、可能（レーザー治療など）ですが　清掃状態、喫煙による影響が大きく、再発することがありますので、まずは口の中の環境を整える事が重要でしょう。

口腔内に生じる頻度は全身各部位に比べ低いようです。口の中で発生頻度が高い部位は、歯肉、舌です。（主に扁平上皮癌）
原因は、不明な点が多く、一般的には遺伝要因、化学物質（大気汚染、食事、医薬品）、放射線、ウイルス、習慣（喫煙、飲酒）等があげられ、誘因として歯や義歯による粘膜の慢性機械的刺激と喫煙があげられます。
なかなか初期に発見することが困難です。痛みも軽く気がつかないことも多い様です。かかりつけ歯科医院での定期診査をお勧めします。

溝状舌、地図状舌、舌炎等が考えられます。先天性のものもありますが、舌や胃の慢性炎症のために生じるものが多いようです。さほど心配はいりませんが痛みがひどい場合や味覚障害がある場合は治療が必要です。